Naxos è probabilmente la prima colonia Greca insediata in Sicilia, ad opera di coloni calcidesi, nel 743 a.C.. Due secoli più tardi entrò in contrasto con Gela e Siracusa: nel corso del V secolo subì almeno due disastrose aggressioni, fino a che, nel 403 a.C., Dionigi di Siracusa la rase al suolo. Dapprima la città fu forse parzialmente ricostruita, ma dopo qualche decennio definitivamente abbandonata. I sopravvissuti fondarono Tauromenion, l’odierna Taormina. Reperti archeologici e notizie storiche successive a questi eventi indicano che il luogo ebbe in seguito una frequentazione modesta. L’Itinerarium Antonini, registro delle distanze lungo le strade dell’Impero Romano, cita “Naxos” come una “mansio”, stazione di cambio cavalli.